Le cauchemar des systèmes de coordonnées en bioinformatique est un article accessible et pédagogique publié sur Bioinfo-fr.net qui explique les défis souvent sous-estimés liés à la représentation des positions génomiques dans les fichiers et outils bioinformatiques. Il aborde notamment comment différents formats utilisent des systèmes d’indexation (commençant à 0 ou à 1) et des types d’intervalles (bornes inclusives ou non), des choix qui semblent techniques mais qui peuvent rapidement devenir des sources d’erreurs fréquentes pour qui manipule des génomes, des annotations ou des alignements. Une lecture indispensable pour comprendre et éviter les pièges des coordonnées dans vos analyses de données génomiques.
L’article explore trois méthodes pour gérer les chevauchements temporels dans une base de données PostgreSQL, en prenant l’exemple d’une application de location de vélos. La première méthode utilise deux colonnes (start_datetime et end_datetime) avec un déclencheur PL/pgSQL pour vérifier les conflits, ce qui est efficace mais complexe à maintenir. La deuxième méthode exploite le type TSTZRANGE et une contrainte d’exclusion avec un index GiST, offrant une solution plus élégante et performante, surtout depuis PostgreSQL 9.2. Enfin, la troisième méthode, introduite avec PostgreSQL 18, utilise la clause WITHOUT OVERLAPS pour simplifier la déclaration de cette logique directement dans une contrainte unique. L’article compare les performances d’insertion, la taille des index et les temps de recherche : les solutions basées sur les plages de dates (range) sont plus rapides à l’insertion, mais les index GiST occupent plus d’espace disque. Les tests montrent aussi que l’optimisation des requêtes dépend fortement de la structure des index et du type de recherche effectué. En conclusion, le type range et la clause WITHOUT OVERLAPS apportent une gestion plus propre et intégrée des chevauchements, au prix d’un stockage légèrement plus important.
Tout est dans le titre... sauf que ça concerne PostgreSQL